Иногда смотрю аниме на портативном плеере, который проигрывает видеофайлы только в *.avi. Японские мультфильмы же часто записаны в *.mkv с несколькими аудиодорожками. Поэтому требуется конвертация.

С помощью ffmpeg смотрим информацию о видеофайле:
ffmpeg -i 'Имя видеофайла.mkv'

Смотрим содержимое контейнера. Видим видеодорожку (Stream 0.0), разные аудиодорожки: (Stream 0.1, Stream 0.2) и дорожку субтитров (Stream 0.3).

Запускаем конвертацию со следующими параметрами:

-threads 2 -y -map 0:0 -map 0:1

"-threads 2" - использовать 2 потока (для 2-х ядерного процессора)
"-y" - перезаписывать файл
"-map 0:0" - видеодорожка
"-map 0:1" - аудиодорожка с русским языком

Данные параметры можно передать WinFF в "Дополнительные настройки" (во вкладке "Дополнительные параметры командной строки").